Dopo il periodo franco, succeduto ai Longobardi, Oneglia nel 1100 divenne feudo dei vescovi di Albenga, incardinato nel dominio imperiale. Nel 1233 i cittadini locali peraltro già insofferenti al potere ingauno, rappresentato non più solo dalla autorità ecclesiastica, ma soprattutto da quella civile, si sollevarono contro Albenga a causa di certi motivi commerciali e fiscali nell'ambito delle rivolte rurali della valle Arroscia e della valle di Andora contro la sede albenganese.
A sedare la rivolta furono chiamati i genovesi che di lì a qualche tempo divennero padroni della città, affidata nel 1298 ad un ramo della potente famiglia Doria dalla quale nel XV secolo nacque il celebre ammiraglio genovese Andrea Doria.
Nel frattempo a Porto Maurizio veniva creato un vicariato di Genova che aveva il controllo del territorio del Ponente ligure da Savona fino a Ventimiglia.
Oneglia, principato autonomo nel contesto dominio genovese, esercitò un ruolo speciale negli affari europei attraverso le gesta dei diversi consignori che si succedettero sul trono della dinastia fino al 1576 quando l' ultimo rampollo di essa, inviso alla città e ai dintorni per il particolare comportamento truffaldino, fuggi e cedette Oneglia ai Savoia che ebbero così un secondo stabile sbocco al mare dopo Nizza. La fierezza degli onegliesi mostrata contro Albenga e i Doria, si trasformò in una totale dedizione al Piemonte sabaudo interpretata dagli abitanti come espressione di una dignità e di una libertà ritrovate.